Thanh toán online ở Việt Nam hoàn toàn mới đang ở giai đoạn khởi động. Điều này làm hạn chế thương mại điện tử ở Việt Nam rất nhiều. Vì thế những merchant, những người tham gia vào các hoạt động kinh doanh trực tuyến bắt buộc phải tự tìm cho mình những phương thức thanh toán online để đáp ứng nhu cầu mua

bán của mình. Tiếc thay, không có nhiều loại hình thanh toán quốc tế hỗ trợ cho Việt Nam nói riêng và khu vực các nước châu Á chậm phát triển nói chung.

Có thể chia các phương thức thanh toán Online của những merchant thường sử dụng thành 2 loại:
Loại thứ nhất sử dụng các phương thức thanh toán được miễn phí khi đăng ký và có tính chất như ví điện tử (đối với khách hàng). Loại thứ hai là các phương thức thanh toán phải mất phí đăng ký ban đầu và có tính chất như cổng thanh toán điện tử.

Loại hình thứ nhất, rõ ràng phổ biến nhất ở khu vực á châu cũng như toàn thế giới là Paypal. Paypal ra đời từ 10 năm nay, có liên kết chặt chẽ với mạng lưới ngân hàng Mỹ (bank US), lại có sàn giao dịch điện tử eBay đứng đằng sau. Tuy nhiên điểm dở nhất của Paypal là tùy từng quốc gia khác nhau lại có giới hạn khác nhau trong tính năng nhận tiền (receive) và rút tiền về (withdraw). Việt Nam rơi vào nhóm hạn chế nhất khi Paypal chỉ dùng để thanh toán, chứ không cho phép nhận về. Điều này gây khó kahưn cho các merchant rất nhiều. (Xem thêm Các cách rút tiền từ Paypal )
Vài năm trước một phương thức thanh tóan dành cho các nước Châu Á ra đời, đó là AsianPay. Tuy nhiên phương thức thanh toán này còn ít phổ biến, dường như người ta chỉ biết tới nó qua chương trình huy động vốn lãi suất cao của AsianPay (HYIP).

Với phương thức thanh toán kiểu thứ hai, kiểu của cổng thanh tóan. Có lẽ nổi tiếng và thông dụng nhất là 2CheckOut và WorldPay. Với 2 hình thức thanh toán này, khách hàng có thể dùng Credit Card, thanh toán trực tiếp và giao dịch được tiến hành ngay lập tức. Khoản tiền này sẽ được chuyển vào account của Merchant từ đó tiền sẽ được merchant rút về việt nam bằng nhiều cách (bankwire, ATM, .v.v.). Gần đây 2CO ngày càng phát triển và mở rộng tính năng tiện ích, cũng như hỗ trợ thanh toán nhiều loại hình payment khác nhau (đặc biệt là nhận thanh toán cả Paypal). Vì vậy 2CO gần như là sự lựa chọn số một của các merchant việt nam trong thời điểm này. Tuy nhiên việc phải đầu từ vài chục đô đăng ký mở tài khoản merchant (phí khởi tạo) cũng như phí hàng tháng là một khoản cần cân nhắc trong chi phí vận hành một website kinh doanh trực tuyến và thương mại điện tử.